Posteriormente, entró en la Akademie der Bildenden Künste de Viena, Austria, donde se concentró en temas simbólicos y alegóricos.
En 1906, se estableció en Puteaux, un suburbio de París, y ese mismo año expuso por primera vez en el Salon d’Automne.
Sus primeras obras artísticas muestran una preocupación inusual, a menudo poco realista, por el color y por una distorsión expresiva.
Desde 1911 a 1912, al mismo tiempo que el pintor francés Robert Delaunay, Kupka realizó sus primeros trabajos completamente abstractos, como Amorfa: fuga de dos colores (1912, Galería Nacional de Praga), que consiste en formas circulares coloreadas y líneas organizadas en una disposición rítmica.
Al año siguiente, expuso en el Salon des Indépendants en la Sala Cubista, aunque no quería ser identificado con ningún movimiento.
El mismo año, Kupka participó en el Salon des réalités nouvelles, donde siguió exponiendo con regularidad hasta su muerte.