Más tarde, acude a Flandes con el cardenal infante don Fernando y después es llamado por Felipe IV como capitán general de Guipúzcoa como parte de un plan (que no tuvo éxito) para penetrar en Francia.Esta acción le valió un proceso del que salió indemne en 1638.En esta época le acompaña su confesor y amigo Baltasar Gracián, en una serie de consultas vinculadas con la grave situación por la que atravesaba Cataluña.Por esos años, Gracián da a luz El Político, basado en la figura de Fernando el Católico y dedicado precisamente a Nochera.Así reza la portada de la edición princeps de El político (1640): En 1640 es nombrado virrey de Navarra, y al estallar el conflicto con Cataluña, Nochera pide al rey que obre con prudencia para evitar que los catalanes se entreguen a Francia.
