En la tercera división española, Javi Peña se hizo un hueco en el once inicial.

En seis temporadas, hizo más de 100 apariciones con los andaluces, obteniendo el ascenso en 1997, tras los playoffs.

Pese a los goles marcados con el filial, no forma parte de los planes del técnico Txetxu Rojo, que prefiere delanteros ya consagrados como Savo Milošević y Yordi.

Javi Peña entra en campo en el minuto 70 en lugar de Marcos Vales.

A final del año se fue al Unió Esportiva Lleida, en Segunda División.