Después del retorno a la democracia, se dedicó principalmente al ámbito académico y de análisis político.

[5]​[6]​ El incidente lo llevó a renunciar a Renovación Nacional, partido al que lo había llevado Andrés Allamand (y al hacerlo, lo había nombrado director del Instituto Libertad).

[2]​ En 2004 fue nombrado rector de la Universidad Diego Portales (UDP), donde se había desempeñado esporádicamente como profesor desde 1983[7]​ y estudiaban dos de sus ocho hijos,[8]​ José Francisco y José Antonio.

Las declaraciones de que en dictadura se realizaron detenciones para evitar que otros organismos represores eliminaran a los opositores al régimen significaba que aquellos personeros, autores de tales detenciones preventivas, estaban enterados de las violaciones a los derechos humanos que se llevaban a cabo en aquel momento.

[11]​[12]​ Fue asesor de Horacio Cartes, elegido presidente de Paraguay en 2013, desde que este fuera precandidato a la jefatura del país por el Partido Colorado.