Fue hijo del comerciante Juan Bouligny, natural de Marsella; y de su esposa María Paret, alicantina.

Estuvo casado con Marie-Louise Le Sénéchal d'Auberville y tuvieron cuatro hijos, entre ellos el senador de los Estados Unidos Charles Dominique Joseph Bouligny.

En 1772 el gobernador Luis de Unzaga y Amézaga nombró a Bouligny como capitán.

En 1779 al estallar la guerra con los ingleses, participó en las campañas de Baton Rouge, Mobile y Pensacola.

Su capacidad en el campo de batalla, le valió años más tarde, en 1800, el ascenso a general de brigada.