Anteriormente, fue presidenta del Gobierno de las Islas Baleares entre 2015 y 2023, siendo la primera mujer en ocupar el cargo.En su etapa universitaria en Barcelona perteneció al sindicato estudiantil independentista Bloc d'Estudiants Independentistes.En 2016 fue la única socialista que ostentaba una presidencia autonómica en apoyar a Pedro Sánchez.Asume su escaño en la V legislatura el 12 de julio de 1999 y desde entonces es diputada, repitiendo escaño en la VI, VII, VIII, IX y X legislatura.[23] En esta situación, los partidos del anterior gobierno se quedaron sin la mayoría suficiente para reeditar el pacto.Por extensión Vox también señalaba a Francina Armengol como presidenta del Govern y líder del pacto de izquierdas que gobernaba en Baleares y en el Consell de Mallorca.La querella arrancó inicialmente por la "desaparición" de una de las menores tuteladas, que fue finalmente descubierta ejerciendo la prostitución, situación conocida por el IMAS, que la obligó a abortar.[35] Otra controversia que persigue a la política balear es la relacionada con el enriquecimiento de su marido, el ex-jardinero devenido en promotor inmobiliario de lujo Joan Nadal.Hubo tantas dudas respecto al concurso que favoreció a Nadal que tres de los cinco técnicos responsables de la adjudicación fueron depurados.Según los investigadores, el ejecutivo balear ayudó a la presunta organización criminal a seguir consiguiendo contratos públicos durante la pandemia, al presentar dicha certificación.Además en esta reclamación, se exigía a Soluciones de Gestión y Apoyo a Empresas S. L., únicamente la diferencia de precio entre la mascarilla FFP2 —que había sido solicitada por el ejecutivo balear—, y la quirúrgica —que fue, finalmente, la que había sido servida—.Marga Prohens, la actual presidenta del Gobierno balear, ha dado instrucciones para anular la certificación de esta compra.Sin embargo, en plena pandemia, el gobierno que presidía no tuvo reparo en rechazar 1,1 millones de mascarillas a buen precio, en una operación gestionada por una ONG.