Fran Moreno apareció siete veces con el CA Osasuna en la temporada 2005-2006 de Primera División, en la cual el club alcanzó la meritoria cuarta posición.
No llegó a jugar ningún partido completo y salió dos veces al inicio del encuentro.
Tras 2 temporadas cedido en Segunda División, jugando en el CD Numancia y en el Albacete Balompié, Moreno fue liberado en 2008, recalando entonces en Segunda División B, concretamente en el CD Linares.
Pasó por el Alavés, Alcoyano, Olímpic y por el Ontinyent para acabar en el CD Leganés donde consiguió el ascenso a segunda división en la temporada 2013-2014 y al año siguiente jugó en la categoría de plata con el club madrileño.
En enero de 2017, vuelve al grupo IV para formar parte del FC Jumilla.