Mérida entró en los equipos inferiores del FC Barcelona con 8 años, pero dejó el club en septiembre de 2005 y se marchó al Arsenal sin recibir su equipo anterior ninguna compensación económica, tal y como sucedió anteriormente con Cesc Fàbregas, ya que ninguno de los dos había firmado contrato profesional con el club catalán.

La decisión podría haber tenido serias implicaciones en clubes ingleses, donde los jugadores pueden firmar contratos profesionales con 16 años, dos antes que en España.

Fran Mérida, aunque criado futbolísticamente en La Masía, es un aficionado atlético de corazón, lo que facilitó su llegada a Madrid.

Sus parientes son de ascendencia andaluza y seguidores colchoneros, una tradición familiar que él ha heredado.

En su llegada a Madrid, Fran Mérida expresó su gratitud de recalar en las filas del club colchonero "Esto es un sueño hecho realidad".

Mérida saltó al campo en el minuto 62 sustituyendo a Elías.

Este gol fue el primero que conseguía un jugador español en la Liga brasileña[7]​ desde hacía 50 años.

Durante todo 2013 tan solo disputó 10 partidos con el club brasileño la mayoría de ellos como suplente.

De los 10 partidos, 6 fueron en la competición liguera en la que el Atlético Paranaense consiguió la clasificación para disputar la Copa Libertadores en 2014.

En dicha tanda, el Atlético Paranaense venció por cinco a cuatro anotando Fran Mérida uno de los penaltis.

Mérida jugó todos los partidos de promoción, la mayoría como titular salvo en dos que entró desde el banquillo.

Jugó 39 partidos en los que anotó 9 tantos, convirtiéndose de esta forma en el máximo goleador del cuadro oscense.

[9]​ Debutó con su nuevo club en la primera jornada de liga ante el Málaga C. F., entrando como suplente en la segunda mitad y anotando el decisivo gol del empate de su equipo.

[10]​ Pasados esos dos años abandonó el club después de no ser renovado.

[13]​ Sin embargo, el siguiente mes de julio acordó su desvinculación y en septiembre anunció la retirada.