Su padre, Charles Dubois, era comerciante de encajes, y su madre se llamaba Marie-Anne Lardy d'Auvernier.[4] En 1829-1831, Dubois se educó en la Universidad de Berlín, bajo la dirección de científicos tan famosos como el geólogo Leopold von Buch, el naturalista Alexander von Humboldt, el geógrafo Carl Ritter y August Böckh.Según algunos informes, fue Humboldt el que tuvo un gran impacto en el destino futuro del joven científico, recomendándole viajar al Cáucaso y a Crimea.Describió los resultados de su investigación en una obra de seis volúmenes Voyage autour du Caucase, chez les Tscherkesses et les Abkhases, en Colchide, en Géorgie, en Arménie et en Crimée [Viaje alrededor del Cáucaso, a los circasianos y a los abjasios, en Colquida, en Georgia, en Armenia y en Crimea], publicada entre 1839 y 1843.Tuvo una oferta del zar para quedarse en Rusia y viajar allí, pero prefirió regresar a su tierra natal.En 1848, dejó la docencia y abandonó la academia para dedicarse por completo a la investigación arqueológica de Neuchâtel.Fue amigo de Ferdinand Keller y Arnold Escher von der Linth.
