En los primeros años del siglo XX, concretamente en 1903, se instala en Buenos Aires por su matrimonio con María Luísa Martí, hija de Fernando Martí y se dedica a administrar el patrimonio de su suegro.
En 1906 crea la empresa de colonización Fortunato Anzoátegui que se dedica a la compra-venta y arriendo de campos, a la formación de colonias y centros urbanos, compra-venta de estancias, explotación de montes y venta de leña.
Con esta empresa funda en 1908 junto con su suegro, el Pueblo y Colonia Fernando Martí (en la actualidad Coronel Charlone (Buenos Aires), Partido de General Villegas), inaugurado oficialmente en 1911.
En dicha provincia poseía numerosas estancias y una importante explotación de salinas.
Sus restos se encuentran en el panteón familiar del Cementerio Central de Montevideo.