El FONAVI fue creado mediante la ley 19.929 durante el gobierno militar de facto, en el año 1972.
[2] En 1977 se elevó la tasa de retención al 5%,[2] y en 1980 la ley 22.294 cambió la fuente de ingresos del fondo por los impuestos coparticipados, debido a una reforma en la distribución presupuestaria.
También se cambió la fuente de ingreso del fondo a un porcentaje del 42% de lo recaudado con el Impuesto a los combustibles líquidos.
Entre los mayores complejos habitacionales FONAVI construidos, son popularmente conocidos el Barrio Ejército de los Andes (conocido como Fuerte Apache), el Barrio Comandante Luis Piedrabuena, el Barrio General Savio (conocido como Lugano I y II) en Buenos Aires, y los Barrio Grandoli y Barrio Rucci de Rosario.
En la ciudad de Santa Fe se encuentran los barrios El Pozo, Las Flores (I y II) y Barrio San Gerónimo (conocido tradicionalmente como Barrio Centenario).