La enzima FokI es una endonucleasa de restricción (EC 3.1.21.4)[1] de tipo IIS de bacterias que se encuentra naturalmente en Flavobacterium okeanokoites y consiste en un dominio de unión al ADN en el extremo N-terminal de la enzima y un dominio de corte no específico en el extremo C-terminal.
[2] Una vez que la proteína se une a ADN dúplex a través de su dominio de unión en el sitio de reconocimiento 5'-GGATG-3 ': 5'-CATCC-3', el dominio de corte de ADN se activa y corta de forma no específica entre nueve y trece nucleótidos hacia abajo del sitio de reconocimiento.
[3] La escisión del ADN es mediada a través de dominios de corte no específicos, que incluye también la superficie de dimerización.
[3] Cuando el nucleasa es separada del ADN, el dominio endonucleasa es secuestrado por el dominio de unión al ADN y se libera a través de un cambio conformacional en el dominio de unión al ADN uniéndose a su sitio de reconocimiento.
El corte sólo se produce en la dimerización, cuando el dominio de reconocimiento de dominio está unido a su sitio cognado y en presencia de iones magnesio.