La idea fue propuesta en 2013 por el programador alemán de software libre Lennart Pöttering, quién publicó un artículo al respecto en el año 2014.

[4]​ Desarrollado como parte del proyecto freedesktop.org (anteriormente conocido como X Desktop Group o XDG), fue originalmente llamado xdg-app.

Por ello, como parte del lanzamiento formal de Flatpak como listo para usar, se decidió elegir un nombre más accesible.

También ha generado nuevas tecnologías como Bubblewrap, que se comparte entre Flatpak y Project Atomic.

[5]​ Existen disponibles paquetes flatpak, oficiales o desarrollados por terceros, para cientos de aplicaciones.