La Final de Ascenso 2008-09 fue una llave de definición en la cual se enfrentó el campeón del Torneo Apertura 2008: Querétaro, contra el campeón del Torneo Clausura 2009: Mérida, disputándose en partidos de ida y vuelta, para determinar al equipo que ascendería a la Primera División.

Por primera vez el campeón de Ascenso se definió en tanda de penaltis, en donde el Querétaro consiguió el ascenso al ganar 5-4.

[1]​ Disputarán el ascenso a la Primera División los campeones de los Torneos Apertura 2008 y Clausura 2009.

De persistir el empate en estos periodos, se procederá a lanzar tiros penales, hasta que resulte un vencedor.

Si el Club vencedor es el mismo en los dos Torneos, se producirá el ascenso automáticamente.