Filipe Morais se convirtió en profesional después de firmar con el Chelsea en 2003,donde no llegó a jugar en el primer equipo y fue cedido en el mercado de invierno al Milton Keynes Dons.
En la temporada 2006-07, Morais se unió al Millwall en una transferencia libre, anotando una vez contra el Bradford City.
Morais anotó su único gol para el St Johnstone en un 4-2 sobre el Hamilton Academical en McDiarmid Park.
Morais abandonó el Hibernian para firmar por el Inverness Caledonian Thistle en enero de 2009, junto con Thierry Gatheussi.
Morais anotó dos goles en su debut con el Inverness contra el Partick Thistle en la copa escocesa.