También fue presidente del Málaga Club de Fútbol entre los años 1997 y 2001.
Comenzó su mandato con el equipo sumido en una grave crisis, ya que militaba en 2ª B, la tercera categoría española.
Al poco tiempo de llegar a la presidencia, hizo unas declaraciones sobre el futuro del Málaga: «En dos años estaremos en Primera».
Esas ilusiones del presidente se hicieron realidad gracias a la excelente gestión llevada a cabo por la directiva del cuadro blanquiazul, así como por los diferentes entrenadores que se hicieron cargo del equipo (Ismael Díaz Galán en 2.ª B y Joaquín Peiró en 2.ª y 1.ª) y por el trabajo de unos jugadores comprometidos.
El empresario y presidente del Málaga C.F., Fernando Puche, se declaró inocente de su presunta implicación en el caso y achacó su detención a «una trama orquestada por tres personas», que no identificó, pero que dejó entrever que se trataría de funcionarios aduaneros.