Se mantuvo al mando del GD Estoril-Praia hasta que en la temporada 1993/94 fue reemplazado por Carlos Manuel.

La temporada siguiente se incorporó como entrenador en el CF Estrela da Amadora, donde llamó la atención de varios clubes nacionales e internacionales y tuvo éxito donde las mejores calificaciones de este club.

Después de la salida de Ronald Koeman del Sport Lisboa e Benfica en 2006, se hizo cargo como entrenador del club que lo vio nacer para el fútbol y del que era partidario y socio, convirtiéndose así en el primer portugués que dirige a los tres grandes de Portugal.

[5]​ Fernando Santos siempre se ha decantado por una formación táctica de 4-4-2 en rombo, y lo probó en Benfica, sin mucho éxito (el equipo terminó 3.º).

[8]​ Clasificó al conjunto heleno para la Eurocopa 2012, donde fue eliminada en cuartos de final ante Alemania.

[9]​ También consiguió llevar a Grecia al Mundial 2014,[10]​ pero dejaría el cargo de seleccionador tras dicho torneo.