[19]​[20]​[21]​ Comienza su segundo año en el equipo belga Quick-Step Floors como uno de los sprinters referentes del ciclismo mundial.

[22]​[23]​ Fernando también ganó al sprint las etapas 12 y 13 rubricando su estreno en una de las tres grandes vueltas.

[27]​ Más adelante, participa en la famosa carrera italiana la Strade Bianche donde fue el mejor colombiano ubicado en la clasificación general.

Horas después el nuevo equipo UAE Team Emirates confirmó la llegada de Gaviria para las próximas dos temporadas.

[39]​ Ese año participaría en el Giro de Italia y debutaría en la Vuelta a España.

En la ronda italiana ganaría la 3.ª etapa con final en Orbetello ante Arnaud Démare, etapa que en un principio ganó Elia Viviani, al cual se le quitó la victoria por un esprint irregular, ya que cerró la trayectoria a uno de sus rivales.

Para acabar la temporada participó en el Tour de Guangxi 2019, en el cual ganaría la 1.ª y 5.ª etapa.

[42]​ [43]​ Al igual que el año anterior, comenzaría su temporada en la Vuelta a San Juan, ganando tres de las siete etapas.

Llegaría a la ya habitual en su calendario, la ronda italiana o Giro de Italia buscando la primera victoria del año.

No consiguió la ansiada victoria, aun así, hizo un buen papel, finalizando top-10 en diversas etapas y logrando un tercer puesto en la maglia ciclamino.

Después del giro participaría en diversas carreras, en las que destacaría el Tour de Polonia.

Consiguió su primera y única victoria ese año por delante del neerlandés Olav Kooij.