Jugaba al fútbol en su ciudad natal para ser fichado por el Vila Nova Futebol Clube que por aquel entonces se encontraba en la Serie B de Brasil con el .En junio de 2007, Fernando firmó un contrato por 5 años con el Fútbol Club Oporto de Portugal, aunque pasó su primer año en Portugal cedido en el CF Estrela da Amadora, donde disputó 26 encuentros anotando un gol.
En el 2008 volvió al Porto, siendo un fijo en la volante del equipo junto a Lucho González y Raul Meireles, consiguiendo el 4º título de liga consecutivo para El Dragón.
[3] Hizo su debut en Süper Lig en el primer partido, jugando 83 minutos en una victoria local de 4-1 contra el Kayserispor; hizo 26 apariciones oficiales durante la temporada, anotando el 9 de diciembre en una victoria en casa 4-2 ante Akhisar Belediyespor y repitiendo la hazaña el 29 de abril siguiente para ayudar a vencer al Beşiktaş JK 2-0 en casa, un resultado que resultó decisivo para lograr el título de liga.
En el Sevilla Fútbol Club conquistó dos Europa League y ha desplegado un gran juego, siendo uno de los jugadores más queridos por la afición hispalense.
Sin embargo, Fernando finalmente no entró en la lista definitiva para el Mundial Sub-20 de 2007.