Fernando Bonilla es hijo del doctor Francisco Bonilla Martí y la aristócrata María Dolores Musoles Barber, y nieto del V Barón de Campo-Olivar.En esta etapa descubrió el uso del primer aparato experimental para realizar ecografías, hecho que le convirtió después en pionero de la investigación y el estudio de la ecografía en España, que desarrolló en nuestro país a partir de los años sesenta y extendió a América latina en los años setenta del siglo XX.Su padre, el doctor Francisco Bonilla financió la adquisición de los tres primeros aparatos en 1969, los undécimo, duodécimo y decimotercero del mundo, que fueron instalados en Valencia, en el Hospital Clínico Universitario, en la antigua maternidad provincial de Valencia y en su clínica privada.Entre 1974 y 1977 Fernando Bonilla fue profesor agregado por oposición en la Universidad Complutense de Madrid.En 1990, participó junto a los doctores Antonio Pellicer Martínez y José Remohí, en la fundación del Instituto Valenciano de Infertilidad (IVI), primera institución española especializada íntegramente en la reproducción humana asistida.