Era el quinto hijo varón (aunque el cuarto superviviente) del Príncipe Víctor I de Anhalt-Bernburg-Schaumburg-Hoym, aunque el primer hijo de su segunda esposa, la Condesa Eduviges Sofía Henckel de Donnersmarck.
Después de la muerte de su padre en 1772, Federico y sus hermanos fueron excluidos del gobierno del Anhalt-Bernburg-Schaumburg-Hoym por su hermano mayor, el Príncipe Carlos Luis, hasta su muerte en 1806.
Federico proclamó que la primogenitura nunca había estado formalmente instalada en Anhalt-Bernburg-Schaumburg-Hoym y, de acuerdo con las leyes tradicionales de la Casa de Ascania, tenía el derecho a compartir el gobierno con Víctor II.
El reinado de Federico duró solo ocho meses hasta su muerte.
Debido a que nunca contrajo matrimonio ni tuvo hijos, la línea de Anhalt-Bernburg-Schaumburg-Hoym se extinguió tras él.