La Federación Anarquista Japonesa fue una unión de anarquistas que existió en Japón desde mayo de 1946 hasta 1968.
La Federación estaba plagada de disputas entre anarcocomunistas y anarcosindicalistas lo que condujo a que en octubre de 1950 se escindiera en dos grupos, el Club Anarquista de Japón y la Federación Anarquista.
Esta última reclamó el nombre de Federación Anarquista Japonesa en 1955.
Desde 1956, esta nueva Federación Japonesa sindicalista produjo y distribuyó una publicación llamada Kuro Hata (Bandera negra) que luego fue llamada Libre asociación.
Una nueva Federación Anarquista, que existe hasta hoy en día, fue formada en octubre de 1988.