En 2006 fue candidato a Senador del estado de Michoacán por su partido, quedando la fórmula que encabezaba en tercer lugar de las preferencias electorales, por lo que no llegó a ocupar el cargo.

La administración de Vallejo estuvo marcada por corrupción y nexos con Los Caballeros Templarios.

Ese mismo año, el priista anunció un permiso más para una revisión médica.

En ese lapso, se revelaron dos videos donde su hijo aparece bebiendo cerveza y charlando con La Tuta.

Ese día, los legisladores michoacanos también aprobaron la propuesta del Partido Revolucionario Institucional (PRI), al que pertenece Vallejo y Figueroa, para que Jesús Reyna García, hasta entonces secretario de gobierno y candidato al gobierno de Michoacán en 2007, fuera nombrado gobernador interino.