Se conoce como farmacia magistral a la modalidad de la farmacia que comprende la preparación de los medicamentos en el momento en que los pacientes los solicitan o requieren, generalmente por prescripción, es decir, por medio de una receta médica hecha por el mismo médico, conocido antiguamente como magister, por lo que al producto preparado se le conoce como fórmula magistral.
La receta que expide el médico, aunque antiguamente la podían hacer odontólogos, veterinarios y parteras, lleva escrita la formulación con los ingredientes, su posología y la vía de administración.
La efectividad de la preparación farmacéutica viene dada por la calidad de los ingredientes, que se encuentren en condiciones óptimas de almacenaje y que no sean demasiado antiguos como para que los principios activos se vuelvan inútiles.
De este modo se garantiza una estrecha relación entre médico, farmacéutico y paciente.
Todo ingrediente empleado para crear la preparación magistral debe estar contenido en las farmacopeas del propio país.