[1]​ Inicialmente presentado como un personaje similar a Fantômas y Diabolik, más tarde se revela como un experimento escapado del Programa Arma Plus.

Fantomex fue creado por el Programa Arma Plus para servir como un centinela / super- mutante contra la población de la Tierra.

Arma Plus creó una población de organismos tecnoorgánicos cuyo tejido vivo se fusionó con nanotecnología centinela a nivel celular.

[2]​ Durante su primera aparición, Fantomex busca un refugio seguro en la X-Corporation en París huyendo de las autoridades.

Sangrando profusamente por las heridas de bala, pide asilo, que el Profesor X le concede.

Mientras que están allí, él les presenta a su madre y continúa describiendo su éxito como un ladrón.

Fantomex mata Darkstar y todos los demás que están mentalmente conectados a la criatura.

Allí se encuentra con una mutante inconsciente conocida como Dust, una ex prisionera que involuntariamente mató a sus captores al convertirse en una tormenta de arena mortal.

[6]​ Más tarde, Fantomex intenta localizar a John Sublime, el director de Arma Plus.

Sin embargo, al examinar la tumba vacía, Fantomex encuentra una lectura de la nota, "Roanoke".

[13]​ Después de lidiar con el Predator X, Fantomex y EVA ayudan a Wolverine, Psylocke y Coloso, que piden su ayuda para derrotar a los creadores de Predator X.

[16]​ La primera misión del nuevo equipo es asesinar a Apocalipsis, renacido en la forma de un niño adoctrinado por el Clan Akkaba en su base lunar.

Después de una batalla contra Arma Infinito, se revela que en realidad Fantomex ha clonado al niño Apocalipsis para ver si el niño podría llegar a ser un héroe si era criado como un hombre bueno.

Él es rescatado por su compañera de equipo, Psylocke, que se vuelve contra sus hermanos.

[19]​ Cuando Psylocke es capturada por la Hermandad de Mutantes Diabólicos, Fantomex se sacrifica para salvarla.

"EVA" ha mencionado que salió de su boca durante su tiempo en "El Mundo", y se convirtió en un platillo volador tecno-orgánico.

Fantomex contiene varios cerebros para pensar paralela e independientemente, así como sangre nano-activa.

Los nanos en su cerebro le impiden creer en algo más grande que él, como dioses o seres sobrenaturales.

Esto permite que su mente permanezca completamente impermeable a la lectura, incluso frente a los telépatas más poderosos del Universo Marvel (Profesor X, Psylocke, Emma Frost y Jean Grey).