La facultad posee una alianza estratégica con la Clínica Alemana de Santiago y un convenio asistencial-docente con el Hospital Padre Hurtado, vigente hasta 2028.
[cita requerida] En 2001, la Universidad del Desarrollo y Clínica Alemana firman un acuerdo para la creación de la Facultad.
Ese mismo año se firma una alianza que se materializa en un convenio asistencial-docente entre Clínica Alemana, el Hospital Padre Hurtado (HPH) y el Servicio de Salud Metropolitano Sur Oriente (SSMSO), que incluye como centro formador a la Universidad del Desarrollo y convierte al HPH en el principal campo clínico de la Facultad.
El 2002 se comienzan a impartir las carreras de Medicina y Enfermería, y a partir del año siguiente se suscriben convenios con distintas instituciones de salud.
El 2004, la Corporación Chileno Alemana de Beneficencia financió la construcción de un módulo asistencial-docente en el Hospital Padre Hurtado, al que le siguieron otros dos módulos en 2010 y 2014.