Fue fundado en el año 1935 en la ciudad de Alytus con el nombre Alytis Alytus y formó parte de la época soviética de Lituania.

[1]​ En 1994 cambia su nombre por el de Daisotra mientras jugaba en la 1 Lyga, y para 1997 lo cambia a su nombre actual.

En 1998 logra retornar a la A Lyga tras ganar el título de la segunda división,[2]​ terminando en octavo lugar en su regreso a la liga,[3]​ pero un año después termina en último lugar entre 8 equipos, con la suerte de que en esa temporada era de transición y no había descenso de categoría[4]​ En 2001 el club desciende a la 1 Lyga tras terminar en último lugar entre 10 equipos,[5]​ en 2003 cambia su nombre por el de Alytis otra vez y logra ganar el título de la segunda división en 2005 y logra ascender a la A Lyga, pero desciende esa misma temporada.

Fue hasta 2011 que el club gana el ascenso a la A Lyga luego de que se fusiona con el Vidzgiris y retoma el nombre de FK Dainava,[6]​ descendiendo de categoría en el año 2014 donde solo hicieron 9 puntos en 36 partidos y recibieron 143 goles y anotaron solo 12.

En 2016 nace el club DFK Dainava como el equipo sucesor.