Al final de esa misma temporada, el Ufa llegó al final del campeonato igualado con el FC Neftekhimik Nizhnekamsk en la cima de la tabla con 86 puntos.
Sin embargo, el Dynamo Bryansk no cumplió con los requisitos de licencias para la temporada 2012-13 del Campeonato Nacional y quedó un puesto vacante, que fue a parar al Ufa, que era uno de los subcampeones de grupo y logró ascender a la Campeonato Nacional.
El debut del FC Ufa en la Primera división fue un éxito, ya que su distancia de 48 puntos permitió que terminaran la temporada en la sexta posición, a sólo cuatro puntos del último lugar en los playoffs de promoción.
La temporada siguiente aún fue mejor para el Ufa, ya que el club logró mejorar su anterior resultado al terminar en cuarta posición, lo que les permitió disputar el playoff de promoción contra el Tom Tomsk, que terminó su campaña en la Liga Premier de Rusia en la decimotercera posición.
El partido de vuelta se disputó cuatro días más tarde en Tomsk, en el que el Tom venció al Ufa por 3-1; un resultado insuficiente para remontar y que permitió al equipo rojo ascender por primera vez en su historia a la Liga Premier de Rusia, tres temporadas después de haber estado compitiendo en el tercer nivel del fútbol ruso.