A inicios de los años 1940 en club representó a la región en las competiciones republicanas junto al resto de sociedades deportivas hasta la Segunda Guerra Mundial cuando los eventos deportivos soviéticos fueron suspendidos y el club desapareció.
En su año de regreso en la tercera división terminó en segundo lugar y no pudo lograr el ascenso, resultado que ser repetiría en los siguientes años donde siempre estuvo entre los primeros lugares de la clasificación.
[3] El club existía desde el año 2000 y en 2002 había logrado el ascenso a la Ukrainian First League luego de fusionarse con el FC Obolon Kyiv.
En 2004 luego de la fusión,[5] el club pasa a llamarse AFC Podillya Khmelnytskyi.
El nuevo equipo, dirigido por Bohdan Blavatskyi, terminó en tercer lugar de la tercera división en la temporada 2007–08.
[3] Al final del 2013 en media temporada 2013–14, la administración del Dynamo en una carta oficial a la liga profesional dijo que el FC Dynamo Khmelnytskyi fundado en 2007 deja de existir.
[11] En 2014 el Podillya regresa a participar en los torneos nacionales de nivel aficionado.