El Lokomotiv-2 Moscú compitió en la Liga de Fútbol Amateur y se aseguró el tercer lugar, superando al Zenit Moscú en la última jornada frente a una multitud considerable.

También los jugadores que no llegan al equipo principal suelen probar sus fuerzas en Loko-2.

Sin embargo, al término de esta temporada 2000 el club fue abolido.

Se mantuvo en la tercera categoría del país y debido a problemas financieros el club fue disuelto al término de la temporada 2013-14.

Denis Klyuyev fue nombrado el primer entrenador del club.