El club fue fundado en 1946 como Krylia Sovetov (Крылья Советов), pero cambió a Equipo de la fábrica Baranov (Команда Завода имени Баранова) en 1948 y Bolshevik (Большевик) en 1949.

[1]​ El club volvió a sufrir un cambio de denominación cuando fue renombrado Krasnaja Zvezda (Красная Звезда; en español "estrella roja") en 1957 y un año después adoptó su nombre actual Irtysh (Иртыш).

El equipo no pudo mantener el buen nivel y descendió a la Segunda División de Rusia en 1995.

El Irtysh Omsk ascendió finalmente a la Primera División en 2009 como campeón de la zona este.

Pero esta vuelta duró solo una temporada y el Irtysh perdió nuevamente la categoría.