Fundada en marzo de 1997 como equipo femenino del FC Flora Tallin, Flora Naiskond jugó su primer partido de liga en el mes siguiente contra el campeón defensor Pärnu, perdiendo 0-3.
Flora logró repetir esta hazaña en las próximas dos temporadas en 1999 y 2000.
Revitalizada, desafió una vez más a los tres primeros, pero se perdió por poco, perdiendo 2-3 en la penúltima ronda y dejando al equipo a solo dos puntos de las medallas de bronce.
Desde diciembre de 2012, el equipo ha sido entrenado por Richard Barnwell.
Flora terminó la liga tercera en la temporada 2007 y 2008, pero finalmente se convirtió en campeona por primera vez en 2018.