Fue fundado en 2017 y representa a la diáspora armenia en Moscú.
Tras negársele la licencia para competir en la Liga Nacional de Fútbol de Rusia, el club fue reubicado en Armenia, donde recibió una licencia para jugar en la Liga Premier.
[3][4] Pronto se unieron al Ararat otros exjugadores del equipo nacional como Marat Izmailov y Aleksei Rebko.
El equipo se proclamó campeón en la Segunda División de Rusia, del grupo «Centro», aventajando en 16 puntos al Energomash Belgorod, segundo clasificado.
[5] Sin embargo, se negó el certificado para la siguiente temporada que debía competir en la Liga Nacional de Fútbol de Rusia[6] y el club se trasladó a Armenia en mayo de 2018, donde sí recibió una licencia para jugar en la Liga Premier de la temporada 2018-19.