En torno al nuevo milenio, el club dio un paso más.

Tras unos descensos a nivel provincial, el FC Denderleeuw pudo ascender de nivel provincial a Segunda División por un corto tiempo en la década de los 90, donde había jugado ininterrumpidamente durante ocho temporadas.

En 2004 los presidentes del FC Denderleeuw y Verbroedering Denderhoutem llegaron a un acuerdo de fusión.

En el parón invernal tenían cinco puntos de ventaja sobre su perseguidor, el Amberes.

Al final, Dender terminó en el decimoquinto lugar en la clasificación de la Jupiler Pro League con 33 puntos (9 victorias, 19 derrotas, 6 empates), lo que aseguró la permanencia.

Boskamp renunció en mayo de 2009 debido a una discusión con Patrick Asselman, quien lo sucedió como primer entrenador.

Después de jugar al más alto nivel amateur durante seis temporadas, Dender ganó la ronda final en 2022 con RFC Liège, Knokke FC y Dessel Sport, llevándolo de regreso al fútbol profesional.

[2]​ Entrenador(es) Vincent EuvrardAdjunto(s) Frédéric Stilmant Mario KohnenEntrenador(es) de porteros Dany Verlinden