En la versión 2.1.3 se agregó una GUI GTK2 integrada al puerto SDL de FCEUX.
[2] Ha sido portado a DOS, Linux (con SVGAlib o X), Mac OS X (su puerto SDL también debería funcionar en otras plataformas Unix-like como FreeBSD, Solaris e IRIX), Windows, GP2X,[3] PlayStation Portable,[4][5] Nintendo GameCube, Wii,[6] PlayStation 2 y Pepper Pad.
Ya que estaba suspendido el desarrollo oficial, se crearon muchas bifurcaciones de FCE Ultra.
Otros autores se unieron al grupo antes de su primer lanzamiento, incluidos mz, Andrés Delikat, nitsujrehtona, maximus, CaH4e3, qFox y Lukas Sabota (punkrockguy318).
Otros colaboradores han incluido a Aaron O'Neal, Joe Nahmias, Paul Kuliniewicz, Quietust, Parasyte, bbitmaster, blip, nitsuja, Luke Gustafson, UncombedCoconut, Jay Lanagan, Acmlm, DWEdit, Soules, radsaq, qeed, Shinydoofy, ugetab y Ugly Joe.