Fue fundado en 1986 como Atlético San José Promesas y desde 2016 era el filial del Extremadura Unión Deportiva.

En el 2004 se decidió dar el salto y hacer un equipo senior.

Tras el ascenso a Segunda División B de España del Extremadura UD en el verano de 2010 queda una plaza vacante en el Grupo XIV de Tercera División, la cual corresponde meritoriamente al Atlético San José.

El equipo nazareno se mantuvo en Tercera División de España hasta su disolución tras ser convertido en filial azulgrana.

El 28 de febrero de 2022 el presidente Manuel Franganillo anunció la desaparición del club y su llevada a la liquidación tras los graves problemas económicos que sufría afectando tanto al primer equipo como al filial.