Junto a otra estudiante y amiga suya, Hanna Hirsch, viajó a París en 1883, donde se instaló hasta 1889.

Tras su regreso a Suecia en 1889, se mantuvo activa como pintora hasta aproximadamente el año 1900.

La mayoría de sus obras consistían en retratos, como el de Lisen Bonnier, su cuñada; el industrial convaleciente Hjalmar Lundbohm, el político Moritz Rubenson, el educador Carl Jonas Meijerberg o el poeta Oscar Levertin.

A partir de 1900 Bonnier dejó la pintura y se dedicó a la filantropía, gracias la riqueza que había heredado.

Eva Bonnier sufría depresiones frecuentes y finalmente de suicidó en 1909.