Se ordenaban allí, en sucesivas etapas ascendentes de complejidad orgánica, todos los seres vivos, desde la mónera y la ameba en la base del tronco, hasta la ramificación final en la copa del árbol, donde aparecía el hombre rodeado de los grandes monos: gorila, orangután, chimpancé y gibón.Sin embargo, un año después ya estaba en las Indias Orientales Neerlandesas en la búsqueda del eslabón perdido entre los humanos y los simios, siguiendo las teorías de Ernst Haeckel.Enseguida los resultados fueron prometedores por lo que el gobierno destinó a su servicio dos ingenieros y 50 trabajadores convictos, pero fracasaron en su busca por las difíciles condiciones: un ingeniero murió y parte de los trabajadores huyeron.En 1890 se trasladó a Java, en donde dos años antes un minero había encontrado un cráneo fósil, y comienza buscando en el mismo lugar en el que había aparecido el fósil (Java central) para más tarde buscar en los depósitos fluviales del río Solo, para lo cual se le asignan dos ingenieros y un grupo de trabajadores convictos, y entre otros fósiles, en agosto de 1891 encontraron un fragmento de un cráneo fósil y un fémur, conocido posteriormente como el hombre de Java, aunque en un primer momento pensó que se trataba de alguna clase de chimpancé extinguido.Unos pocos científicos lo recibieron con entusiasmo, pero la mayoría se mostró en desacuerdo con su interpretación.