Eugen Baciu, que actúa de defensa central o de centrocampista defensivo, empezó su carrera profesional en 2000 en el Laminorul Roman, que por aquel entonces militaba en la Liga II.
Con este equipo debuta en la Liga I.
A finales de 2004 firma un contrato con su actual club, el Steaua de Bucarest, que tuvo que realizar un desembolso económico de 230000 euros para poder hacerse con sus servicios.
Al año siguiente su equipo gana dos trofeos, una Liga y una Supercopa de Rumania, y además realiza un gran papel en la Copa de la UEFA, llegando a semifinales, donde cae derrotado ante el Middlesbrough.
En 2007 y 2008 el Steaua intenta revalidar el título liguero, pero en esas dos campañas queda segundo.