Comenzó su carrera en el fútbol infantil del Club Sarmiento, ubicado en el Barrio Centenario de su ciudad natal.

Posteriormente, jugó en el club Sporting de Punta Alta, perteneciente a la Liga del Sur (Bahía Blanca).

Luego tuvo pasos por los clubes El Porvenir y Los Andes, logrando con este último el Ascenso a la B Nacional en 1994, siendo figura del equipo.

[1]​ En 1998 Fuertes fue fundamental para que Colón se metiera entre los ocho mejores de América en la Copa Libertadores 1998 marcando tres tantos en dicho torneo.

[3]​ Aparentemente, la documentación apócrifa le servía para actuar en Europa como jugador comunitario y no ocupar plaza de extranjero.

Su paso no fue en vano, pues al final de su primer torneo en Chile (Torneo de Apertura 2007) dejó a este equipo (junto a los chilenos Roberto Gutiérrez y Luis Núñez, y al también argentino José María Buljubasich) como subcampeón del mismo torneo, detrás del campeón Colo Colo por un punto de distancia.

[16]​ Palabras de Esteban Fuertes en el último minuto, abrazado con sus tres hijos, tras ser reemplazado por Lucas Alario.

Por su parte, el “Colón del Bichi” tuvo entre sus filas a Luis Medero, Hugo Ibarra, Claudio Marini, Rodolfo Aquino, Marcelo Saralegui, Cristian Castillo, Víctor Muller, Leonardo Díaz, Pedro Uliambre, José Pablo Burtovoy, Nelson Agoglia, Raúl Gordillo, Julio César Toresani, Adrián Marini y Hernán Suárez.

Además estuvieron presentes Rolando Schiavi, Martín Palermo, Iván Zamorano, Andrés D'Alessandro, Pablo Erbín, Hugo Morales, José del Solar, Héctor González, Oscar Ruggeri, Marcelo Delgado, Rodolfo Montenegro y José Luis Calderón.

[23]​ Fuertes hizo su debut en su nuevo club el torneo de verano denominado Copa Cine Center frente a Guabirá en el clásico del norte cruceño.

En el año 2009, fue convocado por el entrenador Diego Maradona para disputar una serie de amistosos con un combinado del fútbol local.

De los cuales no obtuvo ninguna victoria ya que empató dos y perdió tres.