Luego de largas sesiones, la idea fue tomando fuerza en cuanto a organización, mando, atribuciones y materias de trabajos específicos.
Su misión es realizar todo trabajo o estudio que determine el Ministerio de Defensa Nacional; preparar y mantener actualizados los documentos referidos a la Seguridad Nacional y a la Defensa Nacional; coordinar -junto con Carabineros y la Policía de Investigaciones- las actividades relacionadas con la seguridad interior del país; relacionar las actividades de fuerzas de paz chilenas con la ONU; efectuar -en coordinación con la Dirección General de Movilización Nacional- todo trabajo o estudio relacionado con la Movilización Nacional que disponga el Consejo Superior de Seguridad Nacional y organizar la ejecución de las funciones y tareas conjuntas que deban realizar las Instituciones de las Fuerzas Armadas.
Es seleccionado entre los más aptos oficiales generales expertos en Estado Mayor del Ejército, Armada y de la Fuerza Aérea.
Actualmente el cargo es desempeñado por el general de División Alfredo Ewing.
En el año 2010 el Estado Mayor de la Defensa Nacional fue suprimido y reemplazado por el Estado Mayor Conjunto (EMCO) que heredó sus atribuciones y funciones y al cual se le agregaron nuevas funciones a fin de adecuar su accionar a los tiempos modernos.