Vestidos con los mismos colores que su antecesor, camiseta azul con pantalón blanco y medias azules, la temporada 2000/01 es agridulce por cuanto se consigue ascender a Primera Autonómica como primer clasificado pero con la desdicha de perder a su presidente, fallecido, resultando la campaña 2001/02 insatisfactoria al ser cuarto y no poder alcanzar la Tercera División.
En la temporada 2003/04 se debuta en el Grupo XVIII de Tercera División siendo decimoquinto, puesto que mejorará en la edición siguiente 2004/05 cuando resulte séptimo y en la inmediata 2005/06 con la sexta plaza.
Instalado plácidamente desde su atalaya del Estadio Municipal Rey Juan Carlos I, coqueto recinto remodelado profundamente entre 2005 y septiembre de 2006 y que es reinaugurado en el mes de octubre bajo el nuevo nombre, la temporada 2006/07 es discreta con el octavo puesto, mejorando ostensiblemente en la sesión 2007/08 con la quinta plaza y, por supuesto, en la edición 2008/09 cuando es tercero en Liga tras los pasos de C.D.
La RFEF alegó impago en las deudas contraídas por la entidad con algunos jugadores de temporadas pasadas que el club no pudo avalar en tiempo ni forma.
Ciudad Real, capital de la provincia del mismo nombre y con amplia tradición futbolística, de repente se quedaba sin su mayor representante por segunda vez en la década , uniéndose parte de los sufridos y conmocionados aficionados en un nuevo proyecto: el Club Deportivo Ciudad Real, fundado en 2009 y llamado desde 2016 Club Deportivo Manchego Ciudad Real.
En octubre del mismo año, en que fue reinaugurado oficialmente, cambió su nombre por el de Estadio Juan Carlos I.