En la actualidad constituye de facto la estación terminal de la línea que unía Córdoba con Almorchón, ya que solo se mantiene abierta al tráfico hasta la Central térmica de Puente Nuevo (Espiel).

Entonces fue cuando se inauguró la antigua estación de Alhondiguilla, que un siglo más tarde fue sustituida por la actual tras la construcción del embalse de Puente Nuevo.

Para el control del tráfico entre esta estación y la anterior, se estableció un apartadero en 1917.

En 1972, se construyó la actual estación, situada varios metros por encima de la anterior.

Desde su apertura en 1873, realizó las mismas funciones que realiza hoy en día la actual estación, a excepción del tráfico de pasajeros, que ya no se da en la actualidad.