La estación de Zollikofen fue inaugurada en el año 1857 al inaugurarse el tramo Berna - Herzogenbuchsee por parte del Schweizerischen Centralbahn (SCB) de la línea Berna - Olten.

En 1864 se puso en servicio el tramo Zollikofen - Biel/Bienne de la línea Berna - Biel/Bienne por parte del Bernische Staatsbahn.

Bernische Staatsbahn pasaría a ser integrada en 1887 en Jura-Bern-Luzern-Bahn (JBL), fusionándose esta compañía en 1890 con la Compagnie de la Suisse Occidentale et du Simplon (SOS).

Se encuentra ubicada en el noreste del núcleo urbano de Zollikofen.

Los servicios ferroviarios de esta estación están prestados por BLS y por RBS:[1]​ Desde la estación de Zollikofen se puede ir a Berna mediante la red S-Bahn Berna operada por BLS y por RBS:[2]​