Está situado en el distrito de San Martín.

La estación de El Clot de la línea 1 se inauguró en 1951, cuando la línea se prolongó desde Marina.

[1]​ La estación de la línea 2 entró en servicio en 1997, con la apertura del tramo entre Sagrada Familia y La Pau.

En 2022, el nombre de la estación cambió de Clot a El Clot, en el seno de varios cambios de nombres de estaciones motivados por dos razones: estaciones enlazadas que unifican su nombre o estaciones no enlazadas que actualizan su nombre.

Aquí se trataba del primer caso, ya que la estación de Cercanías Renfe de la zona, llamada Clot-Aragón, pasó a llamarse igualmente El Clot, para unificar.