La estación fue abierta al tránsito en junio de 1886 por el Ferrocarril Central Norte Argentino.

Sus vías e instalaciones están a cargo de la empresa estatal Trenes Argentinos Cargas.

[2]​ Hasta 1993, Metán era una de las estaciones donde paraba el tren "El Norteño" que unía Retiro con Salta y Jujuy, vía Rosario, Córdoba y Tucumán.

Era uno de los servicios principales del Ferrocarril Belgrano.

Desde entonces no corren trenes de pasajeros.