Sus promotores fueron Rafael Feliz y Jesús Mª Montaner, entonces directivos de la FAN presidida por Ricardo Clemente.
En el año 2007 se independizó de la FAN siendo nombrado presidente Vicente Rubio.
En las temporadas 2010/2011 y 2011/2012 el equipo femenino intervinó en la Copa LEN, segunda competición europea para clubs femeninos, convirtiéndose de este modo en el primer equipo aragonés de waterpolo en jugar competición internacional.
De aquella plantilla formaba parte la medallista olímpica Andrea Blas.
En la temporada 2012/2013, el equipo masculino de la EWZ jugó por vez primera la Segunda División Nacional finalizando en séptima posición.