Junto con Carl Zeiss y Otto Schott sentó las bases de la óptica moderna, desarrolló numerosos instrumentos ópticos y contribuyó a la fama mundial de la empresa Carl Zeiss.
Gracias al apoyo privado del patrón de su padre (Julius von Eichel-Streiber) pudo asistir primero a una Realschule de primer nivel, y después a un Realgymnasium.
En 1878 se convirtió en director del Observatorio Astronómico de Jena.
La fabricación contemporánea de estos aparatos se hacía a base de prueba y error, y los métodos no estaban basados en cálculos ópticos.
El trabajo entre Abbe y Zeiss, que tenían entre ellos total confianza, no empezó sin problemas: el primer microscopio construido de acuerdo con los cálculos de Abbe poseía menos prestaciones que los fabricados con el viejo método de las pruebas.
Por otro lado, durante su carrera Abbe preparó con éxito un trabajo para un premio sobre termodinámica (Jena 1858) y para otros premios diversos en el campo de la mecánica, según su primer biógrafo Felix Auerbach.
Ser copropietario de la empresa Carl Zeiss no hizo a Abbe solamente rico.
Ha dejado como resultado los escritos sociopolíticos que pueden encontrarse en sus obras completas.
Sobre ello informó el Berliner Tageblatt el 3 de octubre de 1903 en su edición vespertina y citaba al final lo que se cantaba: “Wie könnt' ich Dein vergessen“ (Cómo podría olvidarte).
La lápida modernista está decorada con un medallón con su retrato, esculpido por Adolf von Hildebrand.
La dedicación de la fundación a la plantilla de la empresa consiguió una paz social, que en los sociopolíticamente agitados años del Segundo Imperio Alemán era absolutamente única.
Por supuesto, el conocimiento exacto sobre la fundación en la época anterior a la Primera Guerra Mundial se limitaba a Jena y círculos profesionales limitados, mientras que los productos ópticos de la empresa Carl Zeiss batían récords mundiales.