Debido a su juventud, tuvo como tutores a su madre, al Príncipe Luis VI del Palatinado y al Duque Luis I de Wurtemberg.
Puesto que Ernesto Federico y Jacobo, el segundo hijo de Carlos II, querían tener sus dominios propios y el testamento de su padre prohibía la partición del país, pero no había sido firmado ni sellado, los tutores accedieron a sus peticiones y Ernesto Federico recibió el Margraviato inferior con las ciudades de Durlach y Pforzheim.
Sus hermanos Jacobo y Jorge Federico obtuvieron también sus partes de los dominios (siempre bajo la tutela de los príncipes mencionados), de manera que Baden quedó dividido en Baden-Durlach y Baden-Baden.
Cuando murió su hermano Jacobo, dejó un hijo póstumo, Ernesto Jacobo, considerado margrave titular de Baden-Hachberg hasta que falleció en 1591, pasando entonces el margraviato de Baden-Hachberg a Ernesto Federico.
Ernesto Federico se negó en 1584 a firmar la Fórmula de la Concordia (la confesión luterana) y en 1599 se convirtió a la confesión calvinista.