Es conocido principalmente por dirigir la Expedición Gauss (1901-1903), la primera misión alemana de exploración antártica.

Se graduó con una tesis doctoral acerca de la banquisa en las regiones nórdicas.

Drygalski dirigió dos expediciones entre 1891 y 1893, patrocinadas por la Sociedad para las Geociencias de Berlín.

A pesar de estar atrapado por el hielo durante casi catorce meses (hasta febrero de 1903), la expedición descubrió un nuevo territorio en la Antártida: la Tierra del emperador Guillermo II y el volcán Monte Gauss.

Posteriormente, Drygalski escribió el relato de la expedición y editó los voluminosos datos científicos.